iPad 2でAudioが切り替えられない件、(ファイル名)_hype_generated_script.jsの中でHypeをNewするあたりでAudioも空でNewしておいて、Hypeのイベントからsrcを変更、playすると正常に動作することがわかりました。
毎回Newしたらダメなんですね。
でも制作する毎に変わる.jsを編集するのは嫌だなあ。
一応Hypeのパッケージの中のDocumentLoaderTemplate.jsを編集すれば毎回適用できるけど。。。アップデートした時にたぶん消えるからやめておこう。