あまりにズレがひどいのでキャリブレーションを行った。
実機と接続
※E7002へ日本語フォントを入れるを参考

$ adb pull /data/data/pointercal ~/pointercal
として、ユーザーホームに取り敢えずコピーした。
$ vi ~/pointercal
で開いて下記に書き換える。※viが使えない方はテキストエディタで開いてください。
-13404 0 53480844 11 8308 -1892388 65536

これを本体に書き戻す。
$ adb put ~/pointercal data/data/pointercal
$ adb reboot

これでキャリブレーションがあっているはず。
ただし、失敗すると大変なことになるので、自己責任でお願いします。