たぶん、これが正解。OpenGLの境界のalpha値がおかしくなるんだけど、GL10.GL_TEXTURE_MIN_FILTERとGL_TEXTURE_MAG_FILTERに注目してテストしてみた。

GL_LINEARだと縮尺によってalphaにノイズがでる。
GL_NEARESTだと画像は粗いけど問題はない。
という症状。

GL_LINEARは周りの色を補完して色を求めるGL_NEARESTは一番近いピクセルの色で補完するということらしいので、境界部分(画像の範囲外)は色を求める計算ができていないのでは?と思ったので上下左右に4ピクセルずつ完全にalphaを0にしてみたところ。。。
思った通り境界にノイズが出なくなった。
ま、実験した範囲だから確証はないけど。これは仕様じゃないのかな?