iOS Data Storage Guidelineに対応するためにDocuments内のフォルダにOffline Dataの属性を設定して申請した動物時計1.7がリリースされました。
これによりiCloudやiTunesによる同期でダウンロードしたコンテンツは保持されなくなります。
再インストール時には再度ダウンロードいただきますようお願いいたします。

なお、/Library/Cachesに変更はしていないので改善を求められる可能性はあるんだろうな~と思っています。