ipod touchのmp4、いろいろさわってみて最適な値を見つけることができた。
携帯動画変換君の設定だけどこんな感じ

Title=TESTAVC 480×272 384 kbps 2-pass
TitleE=AVC 480×272 384 kbps 2-pass
Command0=””<%AppPath%>\cores\ffmpeg” -y -i “<%InputFile%>” -bitexact -vcodec h264 -bufsize 1024 -g 250 -vlevel 13 -s 480×272 -r 29.97 -b 384 -passlogfile “<%OutputFile%>” -pass 1 -acodec aac -ac 2 -ar 48000 -ab 64 -f psp “<%OutputPath%><%Title%>.mp4″”
Command1=””<%AppPath%>\cores\ffmpeg” -y -i “<%InputFile%>” -bitexact -vcodec h264 -bufsize 1024 -g 250 -vlevel 13 -s 480×272 -r 29.97 -b 384 -passlogfile “<%OutputFile%>” -pass 2 -acodec aac -ac 2 -ar 48000 -ab 64 -f psp “<%OutputPath%><%Title%>.mp4″”
Command2=”rm “<%OutputFile%>-0.log””
Command3=””<%AppPath%>\cores\ffmpeg” -y -i “<%InputFile%>” -f image2 -ss 5 -vframes 1 -s 160×120 -an “<%OutputPath%><%Title%>.jpg””

PSPでの設定から
-coder 1 を削除 -bufsize 1024に変更するとPSPでの設定でも動作した。
-vlevel 13を30に変更するように推奨してあるところもあったのだが、今度はPSPで再生できないので,正しい設定ではないと思いつつも13のままにしている。

で、エンコードし直しだ!と思っていたのだが、おもしろいことに気づいた。YoutubeをMP4としてダウンロードした場合はそのままipod touchに転送できる。
PSPだと変換しないとダメだったのでちょっとびっくり。
まあ、変換しなければならないならPSPはビデオ、ipod touchはYoutubeと割り切っちゃおうかと思うと気持ちが楽になりますね。